Application d’une plateforme de PCR en temps réel multiplex pour le dépistage précoce des mycétomes en milieu communautaire au Sénégal

Le mycétome représente un enjeu de santé publique majeur dans les régions tropicales et subtropicales d’Afrique. Le diagnostic reste difficile, souvent tardif ou inaccessible, particulièrement dans les communautés rurales. Des avancées récentes en laboratoire, incluant la PCR en temps réel, des processus d’extraction simplifiés et des équipements de diagnostic point of care, ont permis d’identifier avec précision six pathogènes principaux responsables de mycétome : Madurella mycetomatis, Falciformispora senegalensis, Actinomadura pelletieri, Actinomadura madurae, Streptomyces somaliensis et Streptomyces sudanensis. 

Cette étude cherche à déterminer si cette qPCR actuellement développée peut identifier tous les agents responsables courants de mycétome circulant au Sénégal à travers trois objectifs spécifiques regroupés en Works packages (WP). Le WP1 consistera en une enquête épidémiologique transversale de 12 mois menée dans trois sites stratégiques du Sénégal (Louga, Matam et Thiès) identifiés comme étant les régions les plus endémiques aux mycétomes. La collecte des grains, les extractions d’ADN et la qPCR seront réalisées sur place dans les trois régions, tandis qu’une partie des grains sera envoyée à Rotterdam (Erasmus MC) pour le séquençage des régions ITS et 16S pour une validation des PCR réalisées. Cette collecte assurera une représentation équilibrée des hommes et femmes parmi les participants, reconnaissant que les différences dans les activités professionnelles, l’accès aux soins et les pratiques culturelles peuvent influencer l’exposition au mycétome et le parcours diagnostique selon le genre. 

Des agents de santé communautaires, hommes et femmes, seront aussi formés pour faciliter le recrutement des participants et assurer un suivi culturel approprié. Dans le WP2, nous déterminerons quels 4 5 agents pathogènes ne sont pas ciblés par le système de qPCR actuel et à quelle fréquence nous les trouverons. Si nous les trouvons chez plus de 5% des patients échantillonnés, nous développerons de nouvelles qPCR pour cibler ces espèces et nous les incorporerons dans le système de qPCR actuel afin de l’adapter à notre région endémique. Enfin, dans le WP3, nous comparerons les performances et la capacité des trois laboratoires endémiques participants à mettre en œuvre avec précision ces protocoles de diagnostic nouvellement développés. 

Les communautés locales seront activement impliquées à chaque étape du projet, et des ateliers de retour d’information seront organisés dans chaque communauté pour partager les résultats de l’étude et recueillir des contributions pour améliorer les interventions futures.